歷史的腳步跨入20世紀的時候，幾千年來傳統中醫學一統天下的格局已經被打破了。中西醫學的碰撞、交流與互補形成了中國醫學發展的時代特徵。
中西兩種異質醫學體系的交流並非一帆風順。具有不同歷史背景和知識結構的學者，先後提出了“中西醫匯通”“廢止中醫”“中醫科學化”等多種不同的主張，形成了長期而激烈的學術爭鳴，爭鳴的焦點在於面對西醫學在中國的迅猛發展，應當對中國傳統醫學採取怎樣的態度。
中華人民共和國成立初期，國家政府繼承延安時期的衛生政策，注重扶持和保護中醫。但由於受廢止中醫思想回潮的影響，衛生部門的某些領導人在中醫科學化的旗幟下，制定了若干錯誤的衛生政策，對中醫的正常傳承和發展形成了極大的阻礙。毛澤東主席及時發現並批評了這種錯誤，第三屆全國衛生行政會議開始扭轉“輕視和歧視”中醫的傾向，後來逐步確立了中西醫結合的正確方針，在對待中醫藥學的態度方面，實現了思想認識上及方針政策上的一次革命。
中西醫結合，就是在中西醫團結合作的基礎上，主要由中西醫兼通的醫學人才，用現代科學知識和方法，發掘、整理、研究祖國醫藥學遺產，豐富現代醫學科學，發展具有中國民族特點的統一的新醫學的過程。在幾十年的實踐過程中，中西醫結合臨床和實驗研究取得了不少可喜的成就和寶貴經驗，事實證明中西醫結合是發揚中醫藥學的重要途徑之一，中醫藥學可以沿著傳統的和現代的兩條道路不斷進步。
“中西醫結合”之前中西醫交流的指導思想
西洋醫學傳入中國，首先是作為取信於中國人的手段受到西方人的特別重視。近代西方各國都熱衷於在中國開展醫療活動，競相興辦醫院，招收中國學徒，興辦醫學校，招收中國學生，創辦中文醫學期刊，翻譯出版西醫書籍，致力於西洋醫學在中國的傳播。
通過西方傳教士和教會團體的努力，西醫學作為一種新的醫療方法和醫學體系，被越來越多的中國人所接受。隨著中國引進西學規模的擴大，西醫學作為西方文化的組成部分也逐漸受到中國官方的重視。特別是進入民國時期，政府進一步加大了興辦西醫藥事業的力度，陸續在各地建立醫學院校和醫院，並向國外派遣了更多的留學生。傳入的西洋醫學憑藉國內國外兩種力量在中國得到較快的傳播和發展，國內培養的醫科畢業生和學成歸國的醫科留學生形成了一支新的衛生隊伍，從此中國醫學界出現了中醫、西醫兩支亙不相同的醫療力量並存的局面。
進入20世紀以後，中國新文化運動逐漸興起，以陰陽五行學說為理論基礎的中醫學同其他中國傳統文化一樣，遭到了日趨激烈的批判。一些西醫界人士以西醫學為標準力斥中醫學之“短”，甚至形成了以餘雲岫為代表的廢止中醫派，企圖通過政府立法消滅中醫於一旦。廢止中醫派的言行激起了中醫界人士的憤怒和反擊，惲鐵樵、楊則民、陸淵雷等大批中醫名家毅然參加論戰，為維護中醫藥學的傳承和發展發揮了重要作用。
中醫藥界反廢止、圖生存的根本立場是一致的，但在與廢止中醫派的論戰中所表述的學術觀點及關於中醫發展前途的認識卻各不相同。“中西醫匯通”和“中醫科學化”是當時最具代表性而且影響深遠的兩種學術主張，這兩種主張是現代中西醫結合研究之前中西醫交流的指導思想。
“中西醫匯通派”是在西醫的傳入和發展使中醫學和中醫介面臨嚴峻挑戰和嚴重危機的時候產生的一個學術流派，其基本觀點是：中醫、西醫雖屬兩種互有優劣的不同學術體系，但二者研究的客觀對象都是人體的健康和疾病，所以兩種醫學是應該也是能夠相通互補的。從認識論的原理來看，人們對於同一客體的認識，往往表現出層次的和角度的不同，而不同層次、不同角度的認識，只要具有同一的研究客體，就能在交流過程中實現真實反映客體本質這一基礎上的統一，所以匯通派的方向是符合歷史潮流的，他們融洽中西、創立統一的新醫學的思想為現代中西醫結合所傳承、改革和發展。然而，匯通學派的隊伍中，幾乎都是諳練中醫學術的名家，而缺乏精於西醫的新型學者，更沒有兼通中西醫的飽學之士。他們的根本目的，與其說是創造一個新的先進醫學體系，毋寧說是為中醫學的存續尋求一種合乎時宜的手段和途徑。
現代中西醫結合研究者雖然同中西醫匯通派醫家一樣，認為中西醫兩種醫學有著共同的研究對象，因而可以取長補短、融會貫通，最後形成統一的新醫學，但他們的立場、研究方法和所要創立的新醫學的面貌卻與匯通派有著本質的區別：不再是單純站在中醫的立場上，用思辨和類比的方法，將西醫學知識融於傳統中醫學的體系，建立新的中醫學即惲鐵樵所說的“新中醫”，而是站在兩種醫學之上，用現代科學即實證科學的方法，闡釋傳統中醫學的規律，發掘中醫學的理論精華和經驗真知，使之與現代醫學體系相互交叉和融合，建立統一在實證科學基礎上的新醫學。“中西醫結合”對“中西醫匯通”既有繼承又有發展，而發展是主要的，是一種質的飛躍。
繼“五四”新文化運動之後，中國科技界著名學者又發起了一次影響深遠的“中國科學化”運動。“中醫科學化”就是在中國科學化運動中提出的一種改良中醫的主張。陸淵雷、施今墨、餘無言、張贊臣、葉橘泉、時逸人等都是中醫科學化的宣導者，其中以陸淵雷最具代表性。廢止中醫派的代表人物餘雲岫，不僅指責中醫理論“不合科學”，而且把中醫的臨床療效也說成是“偶合幸中”；而陸淵雷雖然充分肯定了中醫藥經驗，卻基本上否定了中醫學理論，後來竟提出“從根本上推翻氣化”的口號。不難看出，“中醫科學化”與“廢止中醫派”的主張具有某些一致的傾向，兩種主張所導致的結果也趨於相同。
新中國成立後，“中西醫團結”和“中醫科學化”成為第一次全國衛生工作會議醞釀形成的中醫政策的兩大主題。而那時的“中醫科學化”又有了與近代“中醫科學化”不同的含義：不再是指中醫理論的科學化，而是指中醫醫生的科學化，即對經考核合格准予執業的中醫師，通過現代醫學基本知識和技能的“進修”，使其變成“科學醫”。至於中醫理論，則沒有給予足夠的重視。
從1954年批判歧視中醫的錯誤政策開始，至1960年逐步確立了中西醫結合的衛生方針。不僅肯定了中醫學的豐富經驗，而且承認中醫學有自己的理論體系，在這個理論體系中存在著“整體觀念”“辨證論治”等具有樸素辯證法和樸素唯物論思想的合理內核，並認為這些理論內核可以彌補西醫學認識論及方法論的不足，因而必須努力繼承和發揚。“中西醫結合”是對“中醫科學化”的直接否定。然而，“中西醫結合”為達到繼承發揚祖國醫藥學遺產、建立中國新醫藥學的目的所運用的現代科學（包括現代醫學）的知識和方法，與“中醫科學化”所提倡的“科學方法”，雖然發展水準不同，但都屬於實證科學範疇，這又表現出“中西醫結合”向“中醫科學化”的回歸。科學史同其他門類的歷史一樣總是在辯證的否定中逐步前進，這是一條客觀的規律。
中西醫結合的發展歷程
中西醫關係問題是一個近代以來一直沒有得到妥善解決的複雜的社會問題。在毛澤東關懷下確定的新中國衛生工作建設的三大方針“面向工農兵”“預防為主”“團結中西醫”，以及毛澤東為第一屆全國衛生工作會議題詞“團結新老中西各部分醫藥衛生工作人員，組成鞏固的統一戰線，為開展偉大的人民衛生工作而奮鬥”，雖然明確瞭解決這一問題的基本原則，但具體的中醫政策的制定，還有賴於決策者更加細緻的工作。建國初期衛生部領導人一方面借鑒延安衛生工作經驗，一方面受廢止中醫思潮的影響，把中西醫團結和中醫科學化確定為中醫政策的兩大主題。1951年先後發佈《中醫師暫行條例》、《中醫師暫行條例實施細則》、《中醫診所管理暫行條例》、《中醫診所管理暫行條例實施細則》以及《關於組織中醫進修學校和中醫進修班的規定》，不僅極大地限制了中醫執業，而且開始了改造中醫使之成為“科學醫”的中醫進修教育，使中醫學面臨著不能正常傳承和發展的危險。
1953年4月開始，毛澤東發現衛生部存在的嚴重問題後，多次對中醫工作過問、批評和教育，對輕視、歧視、限制中醫的錯誤做法及時進行了批判和糾正。1954年10月26日，中央文委黨組在《關於改進中醫工作問題給中央的報告》中建議，成立中醫研究院，吸收中醫參加大醫院工作，擴大和改進中醫的業務，改善中醫的進修工作，加強對中藥的產銷管理，整理出版中醫書籍，中華醫學會吸收中醫參加，使之成為全國醫學界的群眾性的學術團體。這些建議於1954年11月23日被中央批准執行，後來基本上得到了落實。1958年6月，中醫研究院創辦的全國第一個中醫研究班結業。毛澤東於1958年10月11日對衛生部《關於西醫學習中醫離職班情況成績和經驗給中央的報告》作了重要批示，要求各省市舉辦西醫離職學習中醫的學習班，並指出“中國醫藥學是一個偉大的寶庫，應當努力發掘，加以提高”。在毛澤東批示的鼓舞下，全國迅速掀起了西醫學習中醫、廣泛開展中西醫結合的群眾運動。
自然災害加之人為因素的影響，使剛剛開始復蘇的中國經濟遭到嚴重損失，1962年開始不得不進入調整階段，中西醫結合工作也隨之進入低潮。1966年6月“文化大革命”開始，一些中醫和中西醫結合專家受到迫害，除“赤腳醫生”用中西醫兩法治病得到鼓勵外，初步取得成果的中西醫結合臨床和實驗研究工作基本停頓下來。
作為國家高層領導人，周恩來對中西醫結合工作也給予了極大的關注。1970年夏，他特意指示衛生部著手全國中西醫結合工作會議籌備工作，一些中西醫結合研究專案開始重新啟動。1970年底，他親自主持召開了全國中西醫結合工作會議，對22項中西醫結合研究成果進行了表彰，並在會議期間接見了全體與會代表，與取得重要成就的專家一一親切交談，肯定了中西醫結合工作的成績，指明了今後努力的方向。
1977年7月22日～8月15日，衛生部召開了全國中西醫結合規劃工作座談會，討論制定了《1976-1985年全國中西醫結合十年發展規劃》。該《規劃》將此前黨和政府提倡的作為中西醫結合研究方法的“現代科學方法”改為“近代科學知識和方法”，將作為中西醫結合研究目標的“豐富現代醫學科學”改為“逐步提出中西醫結合的基本理論”，在教學、醫療、科研方面將中西醫結合“規劃”為中國醫學發展的主流。
“中西醫結合是中國醫學發展的唯一道路”的提法，不可能得到中醫界和西醫界的認可。中西醫結合研究既無法在短期內取得突破性進展以取代自成體系的中醫理論，也不應阻礙中國現代醫學趕超世界先進水準的步伐。1979年12月中國科學技術協會在廣州召開有中醫、西醫、中西醫結合、自然辯證法各界人士600人參加的醫學辯證法講習會，展開了關於中西醫結合問題的討論和爭鳴。衛生部面對明顯而嚴重的意見分歧，不得不進行認真的分析和思考，最後的結論是中西醫結合的方針必須堅持。
1980年3月6～13日，衛生部組織召開全國中醫和中西醫結合工作會議。會議總結經驗，重申黨的中醫政策，提出了發展中醫和中西醫結合工作的指導方針：“中醫、西醫和中西醫結合這三支力量都要大力發展，長期並存，團結依靠這三支力量，推進醫學科學現代化，發展具有我國特點的新醫藥學，為保護人民健康，建設現代化的社會主義強國而奮鬥”。“三支力量都要大力發展，長期並存”，是一個適合中國現實國情和科學發展規律的正確方針，制定這一方針並使醫學界的思想在這一方針的指導下統一起來，是這次會議的重大成功。這一功績將永遠載入中國醫學發展的史冊！
“廣州會議”上關於中西醫能不能結合的學術爭議，引起了中西醫結合界學術帶頭人們的反響，他們一致認為應該成立自己的組織，堅持中西醫結合，用事實來回答認為不可能結合的人們，於是發起了成立中西醫結合研究會的倡議。1980年3月召開的全國中醫和中西醫結合工作會議上，將創辦《中西醫結合雜誌》和創立中西醫結合研究會列為“今後的任務”。1981年7月20日《中西醫結合雜誌》發行創刊號。11月8～12日，隸屬於中國科協為一級學會的中國中西醫結合研究會成立大會暨全國中西醫結合學術討論會在北京舉行，討論通過了中國中西醫結合研究會章程，選舉產生了第一屆理事會。
站到21世紀初期的階梯上回首中華人民共和國50年的歷史，可以清楚地看到中西醫結合發展的道路在20世紀80年代初期出現了明顯的轉折，醫學界內部的矛盾與多種社會因素共同構成了這一轉折的動因。
毛主席的多次指示和號召是確定中西醫結合方針的指導思想。作為思想意識的導師只是授予人們一般的思想原則，不可能提供直接可以用於科學研究的法寶。然而對於敬愛領袖的信仰卻有時使得人們放棄了思考和意志，例如後來成長為中西醫結合專家的學術帶頭人，當初加入學習中醫的隊伍時，有些並不是出於自覺，而是為了“服從組織”去做內心不情願的事情。而20世紀80年代開始，中西醫結合研究者們不顧有些人的反對和誤解，決心堅持走中西醫結合之路，已不再是回應領袖的偉大號召，而是在親身體會到這項研究工作的重要意義、看到從事這項研究的光明前途的基礎上，做出的一種自認為正確的重大抉擇。相對擺脫了號召的鼓動，把被動的執行政策變成了自覺的科學研究，是80年代初期以後中西醫結合研究者表現出的一大特徵，首先根據這一特徵，將前此約30年的時間，劃成了中西醫結合史的第一階段。
中西醫結合第二階段的另一個重要特徵是醫療、科研隊伍的相對獨立。中西醫結合界的學術組織“中國中西醫結合研究會”，產生了巨大的凝聚力，每年組織召開多次全國性中西醫結合學術會議，對加強中西醫結合隊伍的團結和促進學術交流做出了重要貢獻。1991年10月該會改稱“中國中西醫結合學會”，全國各省市相繼建立了中西醫結合分會，並先後成立了30多個專業委員會，深入開展了中西醫結合臨床和理論研究工作。至今中國中西醫結合學會會員已達6萬餘人。《中西醫結合雜誌》作為中西醫結合工作者的學術載體，不僅及時反映了中西醫結合研究的成果和結論，而且在宣傳中西醫結合方針、增強中西醫結合研究者的信念、樹立中西醫結合隊伍的形象等方面都發揮了重要作用。該刊1992年更名為《中國中西醫結合雜誌》，1995年英文版創刊（現稱“Chinese Journal of Integrative Medicine”[中國結合醫學雜誌]，內容與中文版不同，有歐美等多國著名醫學家擔任編委），其科學性和應用性得到了國內和國際社會的廣泛認同。
中西醫結合隊伍的相對獨立是針對中醫隊伍而言的，而相對獨立的意識最先產生在中醫界。1982年4月16～22日，衛生部在湖南省衡陽市召開了全國中醫醫院和高等中醫教育工作會議，制定了《關於加強中醫醫院整頓和建設的意見》《全國中醫醫院工作條例》《努力提高教育品質，切實辦好中醫學院》三個檔，主要提出了加強中醫事業建設、保持和發揚中醫特色的問題，認為不把中醫機構建立起來，中醫的醫療、教學、科研就沒有基地；有了中醫機構而不保持和發揚中醫特色，則仍不可能起到發展中醫事業的作用，也就失去了作為中醫機構的意義。“衡陽會議”精神的貫徹，引發了一陣“純中醫”的思潮，甚至有人提出“非中醫人員一律要從中醫機構中調走”的要求。1982年11月14日，《健康報》發表評論員文章“全面理解保持中醫特色問題”，對這種思潮進行了批駁。
1982年11月26～29日衛生部在河北省石家莊市召開“全國中西醫結合和綜合醫院、專科醫院中醫科工作會議”，其中心議題是為“衡陽會議”後出現的一些新問題研究對策。“石家莊會議”制定的《關於加強中西醫結合工作的意見》中，強調了加強中西醫結合工作需要認真解決的幾個問題。其中一些問題的解決，在一定程度上壯大了中西醫結合隊伍，加強了中西醫結合研究的陣地，促進了中西醫結合的相對獨立發展。《關於加強中西醫結合工作的意見》還強調了“中西醫結合是一項長期艱巨的任務，要經歷一個由簡單到複雜，由初級到高級，由量變到質變的發展過程。”這是對既往中西醫結合工作中存在的急躁情緒的極有意義的反思。
“衡陽會議”和“石家莊會議”是中國現代醫學史上兩次具有重要影響的會議。兩次會議精神的落實，使中國醫學界真正出現了三支力量並存的新局面。中醫機構的中醫特色得到了加強，中醫學院的西醫課時大幅度削減；中西醫結合界則加強了綜合醫院中醫科的建設，並創建中西醫結合醫院、中西醫結合研究所，重建自己的醫療和科研基地；創辦中西醫結合研究生高等教育，培養自己的接班人。被迫撤出中醫陣地的中西醫結合隊伍不斷壯大，日漸人才濟濟，並有幾位學術帶頭人當選為中國科學院或中國工程院院士，躋身於中國科學界的最高殿堂。