中醫學與西醫學是在東西方不同文化背景下產生的不同理論體系的醫學，已成為學界共識。不同的生存環境和歷史，產生不同的文化，形成不同的世界觀。醫學作為最講實際（解除病痛、保障健康）的應用學科，必然受其影響。
1　世界觀與方法論是中西醫差異的根源
世界觀是人們對世界的根本看法，是文化的內核，方法論是認識世界的根本方法。有什麼樣的世界觀，就有最能尊重這種世界觀又能更好的進一步觀察、研究和利用這個世界的方法論。世界觀決定方法論，方法論服務於世界觀。物質世界是複雜的多維的，世界觀也是多元的。作者認為主流世界觀的差異是中西醫差異的根源。所謂的“主流世界觀”是指對後世影響深遠且對現今仍在發揮重要影響的世界觀。中醫的主流世界觀源於中國古代哲學的“元氣論”，方法論是“取象比類”，主要關注宏觀世界的物質運動規律和相互聯繫；西醫的主流世界觀源於西方古代哲學的“原子論”，方法論是“還原法”，主要關注微觀世界的物質精細結構和功能。
1.1　中醫：“元氣論”與“取象比類”
“元氣論”源於中國古代哲學思想，認為“元氣”是宇宙萬物的共同本源。“元”是開始的意思，“氣”在本源的意義上是物質性的元素。“元氣未分，渾沌為一”“萬物之生，皆稟元氣”（王充《論衡》）。《莊子·知北遊》指出天地萬物皆為一氣所生，“通天下一氣爾”。現代天文學家提出且得到廣義相對論支持的宇宙形成“大爆炸”理論與之高度相似。“元氣”這一概念，古有不同稱謂，《易經》稱“太極”“精氣”，《道德經》稱“道”，《黃帝內經》稱“精”，《黃帝八十一難經》稱“原氣”。先輩對宇宙本源的探討一直沒有停止過，形成了不同的名詞與概念，至兩漢時期被“元氣論”所同化，故又稱“元氣一元論”。基於宇宙萬物皆源於“元氣”即“萬物同源”的世界觀，即宇宙萬物是在源頭相互連接的整體，可將“元氣”理解為宇宙萬物之“母體”，由此形成的宇宙萬物之間是“母子”“祖孫”“兄弟姐妹”等關係，是一個“同宗同祖”普遍聯繫相互作用的大家庭，宇宙萬物和諧相處（和而不同）為最佳狀態。“天人合一”也在其中（在此需說明：已有“萬物同源”，又提“天人合一”，反映了中國傳統文化中的人本思想）。因此，宇宙萬物具有“連（續）關（聯）性”“恒動（動態變化）性”“整體（同源）性”“宏觀（系統）性”四個特徵，這四個特徵相互衍射。先輩在整體、宏觀上既重視各事物之間的相互連關性，又重視其動態變化規律。先輩在研究條件極差的情況下認識這個複雜的世界，“取象比類”可能是最好的方法了，即根據兩個事物之間在某些方面的相似或相同而推出他們在其他方面也可能相似或相同的推理方法，簡捷了當地去揭示複雜多變事物現象背後的內在本質及其變化規律。《周易·系辭傳》“象者，像也”，指物象。具有相同物象的兩個事物的連關性比沒有相同物象的兩個事物的連關性要強，是取象比類的理學支點。“取象”以“整體直觀”為主要認知方式，是取象比類的起點。“陰陽”規律的發現即是取象比類的結果：先輩觀察太陽運動和晝夜變化產生了陰陽初始概念。溫暖、明亮、向上、向外、興奮等為陽，寒涼、黑暗、向下、向內、沉靜等為陰，認為陰陽恒動而平衡為“天道”。將陰陽概念轉移到其他事物上，如天為陽，地為陰；山為陽，穀為陰；南坡為陽，北坡為陰；植物地上部分為陽，地下部分為陰；同樣是食物，有些食後自覺身熱則為陽性食物，有些食後自覺清涼則為陰性食物……漸確認陰陽為普世規律。陰陽之間相互對立、消長、互根、轉化，恒動而平衡為常態。從另外一個角度講，陰陽相交化生萬物，“一陰一陽之謂道”。“五行”規律（包括木火土金水之間的生克乘侮關係等，生動體現了萬事萬物間相互聯繫相互作用的運動規律）的發現也是如此。即基於世界是物質的整體這一元氣論世界觀和取象比類方法論，先輩們發現了“陰陽”“五行”“天人合一”等規律。用具體的自然物象及其規律描述和解釋抽象命理，具有觸類旁通的邏輯特色和惟妙惟肖的思維品質，將元氣論的世界觀演繹到了極致。中醫學的經典《黃帝內經》是先輩借用《易經》《尚書》《道德經》等的陰陽、五行、天人合一等思想，在漫長的醫療實踐中逐漸形成的理論體系，注重對世間萬物規律和聯繫的總結，解決人及其與自然之間的問題。在臨床的實踐過程中，取象比類漸形成三種情況①援物比類：如《靈樞·邪客》曰：“天圓地方，人頭圓足方以應之”；②應象比類：如《素問·痹論篇》曰：“風寒濕三氣雜至合而為痹也。其風氣勝者為行痹，寒氣勝者為痛痹，濕氣勝者為著痹也；”③奇恒比類：如《素問·疏五過論篇》曰：“善為脈者，必以比類奇恒，從容知之”，基於四診獲取疾病在人體整體層面的表現，揆度恒常與奇異，診療疾病。試想，來源於同一個“母體”（元氣）的大千世界，萬物為相互連關的整體，要想瞭解萬物之間哪些連關性強？如何連關？又是如何變化的？有什麼規律？等等，再沒有比取象比類更好的方法了。我們的祖先確實是很有智慧的。基於元氣論的世界觀，就是放在今天，我們的智力水準，也找不到比取象比類更好的方法論。對某一事物的發生、發展、變化規律的研究，也是先輩研究事物的重點，同樣離不了取象比類法的應用。比如觀察到植物有生長化收藏五階段變化規律後，將其類推到動物也有生長壯老已五階段，五階段循環往復，生生不息，即使沒有生命的物體也都有一個類似於萌生、長大、變化、衰老、滅亡五階段的過程，這個五階段過程有快有慢，由此，漸確認五階段變化是普世規律。取象比類是一個感悟的過程，也稱象思維或類比思維，是將複雜事物簡單化的方法，更適用於描述複雜的多內涵事物的本質。如陰陽理論被引入認識複雜的人體，長期實踐後認為人體“陰平陽秘”為健康態，否則乃為病。診療疾病時，“查色按脈，先別陰陽”，將複雜人體的疾病，簡化為陰陽這一本質屬性，大道至簡。取象比類法，直到科學技術高度發達的今天，人們在面對複雜性事物時還在應用，如研究人類進化的學者，認為人從一個受精卵發育成胎兒到出生的過程，模擬了人類進化過程；研究宇宙的學者認為整個宇宙可能是一個智慧宇宙，把智慧宇宙比喻成人的大腦系統；有證據表明人類遺傳物質染色體是雙鏈螺旋狀結構時，聯想到“陰陽”理論。取象比類是研究具有連關性、整體性複雜世界或事物的有效方法，迄今為止，仍不過時。只要元氣論不過時，取象比類就永遠是有效的方法論。取類比象或許會對未來複雜事物的研究提供更多的思路和借鑒，為未來生命科學的研究提供很多命題，在未來人類科技的發展史上或許會有巨大的成就，我們現在並不一定能夠完全估計得到。
任何一種方法論都不是完美無缺的，取象比類也是如此，他是一把雙刃劍。一方面，有助於精煉、生動的認知事物並對其開發、利用、創新。另一方面，由於將事物間的共性作為邏輯關係依據，推導作用過分強大，導致取象比類的認知功能和範圍盲目擴充而濫用。如東晉葛洪《抱樸子》稱：金丹為藥，燒之愈久，變化愈妙，百煉不消，畢天不朽，人若服之能令人不老不死。當時不少人因此而葬命，淪為取象比類濫用的犧牲品。盛行於魏晉南北朝的這一“服石”之風，歷經300年才認識到其危害。作者研習後發現，為了避免取象比類的功能和範圍盲目擴充，睿智的先輩設置了兩個限制條件，使之在一個合理的可接受的區間內運行：一方面受限於在取象比類研究過程中沉澱下來的已被長期實踐檢驗是正確的認識論和方法論，如陰陽五行、天人合一、臟腑經絡、藥理藥性等；另一方面，必須通過實踐的再檢驗，過程可能是漫長而曲折的。比如，兩千多年前就將天鼠（蝙蝠的一種）的糞便作為一味中藥——夜明砂來治療夜盲症。一定是先發現其只在夜間活動，夜間眼睛看得清，按照“吃什麼補什麼”“以形補形”的取象比類推導，患者也許試服過其眼睛……經過不知道多少年多少代多少艱難困苦的臨床實踐，才確定下夜明砂。所以，取象比類必須受限於這兩個條件，才能使取象比類這一方法論更好的為元氣論這一世界觀服務。歷史上有些醫家沒有把握好這兩個限制條件，留下的文獻中存在有證據匱乏的主觀臆測與牽強附會，被後人視為糟粕。從中醫是在陰陽五行、天人合一、臟腑經絡等理論指導下的醫學這個角度講，中醫是“理論醫學”，從中醫在取象比類基礎上必須通過實踐再檢驗的角度講，中醫是“經驗醫學”。其實，“理論”與“經驗”是相輔相成的。通過取象比類可以使複雜的問題“狹化”或簡單化，不斷地進一步取象比類可使問題進一步狹化。如同大海撈針，只說針在海洋中，將無從著手。若告訴你針在太平洋西岸，目標就“狹化”了。若進一步告訴你針在臺灣海峽，就進一步“狹化”了……宇宙萬物組成的自然世界太複雜了，而人是大自然“之子”，帶有大自然的全部“密碼”，自身又是一個複雜的“小宇宙”，天人相應。人們對這些複雜的事物一步步的瞭解，就如同大海撈針一樣，通過取象比類使複雜的問題漸步狹化，每一次狹化都是從相對不正確向相對正確的進步，都伴隨著認知的提升和療效的提高。自神農嘗百草甚至更早，整個醫學史其實是一部糾錯史、試錯史，人們始終在實踐—認識、再實踐—再認識的過程中前行。先輩們長期“大海撈針”般地尋找與探索所沉澱下來的理論和有效方法，實屬不易，彌足珍貴，應很好地傳承。在繼承的基礎上還要發展與創新，因為還有很多臨床問題沒有得到解決。中醫的發展與創新離不開取象比類，因為他是認識具有“連關性”“恒動性”“整體性”“宏觀性”四個特徵的物質世界和人體的最佳的方法，至今還沒有發現另外一種方法可以取代。
1.2　西醫：“原子論”與“還原法”
“原子論”是西方古代就有的關於物質結構的一種樸素唯物主義學說，古今概念有所變化。創始人為西元前的古希臘哲學家留基伯和德謨克利特，認為世界萬物皆由大量難以分割的微小物質粒子組成，這種粒子稱為原子（希臘文為atomos）。在古代尚沒有任何現代設備，人們只能用肉眼觀察世界萬物結構的條件下，這無疑是一種樸素的臆測。然而，重要的是，原子論這一學說對後世的影響越來越大。西元2世紀醫學巨人，古羅馬的蓋倫留下的解剖學著作，影響了其後的西醫1000多年。蓋倫自稱從大象到蒼蠅無一不是他的刀下客，比同時代中國的解剖學要廣泛、深入得多，不能不說原子論對此產生了影響。然而這仍然是肉眼下的物質結構。“文藝復興”時期的法國哲學家伽桑狄是原子論的推動者並影響了當時的一大批科學家，如牛頓、迪卡爾等，認為世上萬物都是按一定次序結合起來的原子總和，世界是無限的。此後，以物理學為引領的現代科學技術迅速發展，伴隨著數學、化學、天文學、生物學、生理醫學等的進展及學科之間的互動與促進，三百多年來尤其是近一百多年來，在由“物質變精神”與“精神變物質”的相互促進這一人類進步的不斷迴圈過程中，新物質、新機器、新儀器的出現，使人們的視野和感知物質世界的能力大大超過了前人，科學向宏觀（天文學）和微觀兩極發展（微觀即“原子論”，是本節的內容）。“原子”從前人的臆測進入到了可以通過儀器感知到的真實存在，人們進入到了微觀世界，感知到不同的物質是由不同的原子組成的。不同的原子（atom）是由不同的原子核與其圍繞在周圍的高速運轉的不同數量的電子組成，原子與原子之間是相互獨立的，原子決定了物質的性質。這就是人們熟知的現代“物質結構理論”，他賦予了古代原子論以新的內涵。從此，原子論進入了新階段，並迅速影響到包括我國在內的世界各地。是近現代物理學的發展，推動了原子論世界觀的傳播，並深入人心。微觀世界的物質具有“可分（割）性”“靜止（穩定）性”“獨立性”“微觀性”四個特徵，這四個特徵相互衍射。面對具有這四個特徵的物質世界，“還原法”作為進一步認知這個物質世界的方法論無疑是唯一的選擇。這裏的“還”即使事物返回到初始的地方或恢復到初始的狀態 ，“原”即組成特定物質的最小的功能單位——基本粒子。還原法始於物理學，是將被研究的物質一分再分，直至最小的功能單位——基本粒子即atom，然後再對atom進一步研究的方法。近現代科學的其他學科鑒借了還原法，如十七世紀以來西醫解剖學的發展與1761年義大利莫幹尼《疾病的位置與原因》奠定了在解剖基礎上尋找“病灶”靶點的思想，是還原法在醫學中的具體應用，至今仍深深影響著西醫的發展思路與方向。西醫將人體一分再分為系統、器官、組織、細胞、亞細胞、DNA、蛋白質、氨基酸等不同層面的物質結構和成分，從生理學角度試圖找到支配某特定生理功能的最小功能單位——基本粒子（並不是物理學的atom），從病因病理角度試圖找到導致某特定疾病的最小功能單位——“靶點”：病因、病位，然後再對其結構、功能、理化性質等進一步研究。人們無法預先知道導致某特定疾病的“基本粒子”是什麼，只能努力尋找。其實，每一次的向下再分，都十分不易。如從蓋倫肉眼解剖所描述人的器官與系統到虎克發明顯微鏡後看到的組織和細胞，經歷了1500年，從看到組織和細胞的基本結構到人類發明電子顯微鏡後看到亞細胞結構，經歷了大約250年。每次向下再分，都使我們感覺到找到了“基本粒子”，而且確實促使我們的認知產生了質的飛躍，所以我們總會認為拿到了打開人體最終秘密的鑰匙。人體是極其複雜的有機整體，患病後的機體更複雜，存在著無數個未知，對於某一特定疾病，有時我們會認為已找到了導致疾病的“基本粒子”，但不久又會發現在同一個物質層面的另一種物質可能是疾病的“基本粒子”。如當人們在類風濕關節炎患者血中發現類風濕因數時，認為找到了診斷本病的關鍵，但以後又發現抗環瓜氨酸肽抗體更重要。探索人體的秘密，就像深山探寶一樣，人們並不知道“寶”在何處，甚至不知道“寶”是什麼樣子，只能不停地去尋找去嘗試，我們似乎永遠在路上。將物質一分再分和對所謂的“基本粒子”進一步研究時除了使用物理手段還會使用化學手段，還要應用數學原理處理相關數據及做必要的邏輯推理與歸納等，所以，還原法也稱還原分析法。西醫重視並善於在實驗室中進行基礎研究，為了深入研究事物，將複雜恒動的相互連關的宏觀整體一分再分為相對獨立的微小部分，通過固定或改變有關條件，盡可能讓研究對象保持孤立與靜止，使複雜的問題簡單化，對其一一進行研究。能實現在“極端之中”求得“極端結果”，如使結構極精細、成分極純淨或得出極端條件（壓力、溫度、酸鹼度、某物質含量等）下的結果，實證且量化，結果可重複，將原子論世界觀演繹到了極致。實驗室取得成果後，必須經過臨床檢驗。因為實驗室結果不等於臨床結果，換句話說，實驗室得到的成果，往往不是“真理”。如類風濕關節炎的治療，20世紀50年代應用腎上腺糖皮質激素治療取得了“巨大成功”，並因此獲得諾貝爾獎，但後來發現遠期結果並不理想。之後，類風濕關節炎的治療又先後進入了金製劑時代、甲氨蝶呤時代、生物製劑時代，近兩年又稱進入了“JAK”時代，每個“時代”都有大量的證據級別很高的基礎研究成果支撐。檢驗一個藥物的療效、安全性或發現其新作用，有時需要兩代人或更長時間，如20世紀50年代被稱為“反應停”而現被稱為“沙利度胺”一藥，治療瘧疾的氯喹用於風濕免疫病到近期的新冠肺炎等。得益於還原分析法，西醫進展很快，每十年知識更新約30%以上，原來認為正確的現在證明是錯誤的或不全面的，現在認為正確無誤的，將來也可能是錯誤的或不全面的。所以，西醫冠以“科學”之謂的可量化、可重複的實證結果，只是一種當下被認識到的“存在形式”，不代表最終正確。西醫進展快，新成果不斷出現，認為最新的總是好的，是一種誤讀。西醫一直在不停地探索未知，有成功經驗，也有失敗教訓，甚至是慘痛教訓，然而，每一次探索都是有價值的，都有助於瞭解生命、提高療效。這是一個不斷否定自我完善自我的迴圈過程，在這個過程中不斷趨向相對“真理”。因此，西醫的成就尤其是經長期實踐檢驗是正確的理論、知識和診療措施，來之不易，極其珍貴，我們應好好學習，加以利用。從西醫主要通過實驗室研究推動發展的角度講，西醫屬於“實驗醫學”，從實驗室成果必須在臨床中檢驗的角度講，西醫也有“經驗醫學”的成分，兩者相輔相成。
利用還原分析法將整體一步步分割，使複雜的問題簡單化，一旦找到“靶點”，往往就會找到靶向治療措施，故西醫往往診斷明確、指標清晰、速效高效，解決了很多過去難以解決的診療問題，近百年來人均壽命明顯增加，西醫功不可沒。還原分析法始於物理學，最擅長研究非生命物質，用於研究複雜生命體則是一把雙刃劍，因為破壞了複雜生命系統的結構效應即整體湧現性，並使恒動的活體“靜止”化，所以西醫在快速發展的同時也暴露出一些不可忽視的問題：①關於靶點：任何疾病都是人的疾病，過度關注靶點，容易使醫學模式過度“生物”化而忽視人的精神與社會性；同時，過度關注靶點會忽視人的整體連關性，易現“頭痛醫頭、腳痛醫腳”之弊。有的單靶點疾病其實就是全身性疾病，如近期的新冠肺炎。有時候原“靶點”不存在了，不一定代表自身就健康了。還要清醒地看到，人體這個複雜的巨系統，各部分之間緊密關聯，相互影響，形如一個立體的網，想要精確掌握其在分子維度運行的每一個細節，多數已超出人類目前的能力，故從微觀靶點角度開發的藥物有時會造成意想不到的不良反應。另外，對複雜的多靶點疾病或目前還找不到明確靶點的疾病，往往是力不從心，而且這類疾病還不在少數。②關於量化指標：從嚴格可控的實驗室條件下得出的數據儘管精確，但往往容易脫離實際。比如將男性血尿酸正常水準定在≤420 μmol·L-1，是因為在體溫37 ℃、血漿pH 7.4的絕對條件下，尿酸在血漿中呈完全溶解狀態，高於420 μmol·L-1，則會過飽和而形成結晶，發生痛風。有420 μmol·L-1這個標準（指標）作為參考，對患者的診斷和療效評價有很大幫助，但若將其作為“唯一正確”，就犯了機械唯物主義的錯誤，因為沒有幾個人的體溫與血漿pH是完全定格於此的。實際情況是，正常人群口腔溫度在36.3～37.2 ℃，血漿pH在7.35～7.45，而每個正常個體也隨環境變化而波動。若一男性基礎體溫為36.3 ℃或（和）血漿pH經常在7.35，其血尿酸低於420 μmol·L-1也會患痛風；若基礎體溫為37.2 ℃或（和）血漿pH經常在7.45，其血尿酸高於420 μmol·L-1，也許終生不患痛風。所以，過度的強調精確與量化，靜止、孤立的看事物，容易脫離臨床實際，或者說與“活著的人”不一致。對於以上問題，有些已經意識到了，並試圖改進，如提出醫學模式應從單純生物模式向生物—心理—社會模式轉變，提出系統生物學概念等。但不論如何改進，都改變不了還原分析法繼續發揮重要作用。因為近百年來原子論世界觀已深入人心，目前西醫學面臨的不少問題，還等著還原分析法去解決。可以說，西醫近百年來的快速發展得益於還原分析法，因為他是認識人體微觀世界最佳的有效方法。
“14世紀之前中國有100多項科技成就領先於世界，為什麼找不到其中與現代科學方法相應的方法？”“現代科學為什麼沒有在中國等東方文明古國首先出現？”作者認為，東西方不同的世界觀與方法論，也許能回答這一李約瑟難題。因為東西方在探索這個複雜的多維世界時，一開始在源頭上走的就是兩條不同的路。我們沒有理由站在自己的路上去指責另一條路，若這樣做，只能說是自己狹隘。探索生命奧秘的路不止一條，甚至不止兩條，古老不是過時，現代不是幼稚，中西醫兩種不同理論體系的醫學沒有先進與落後之分，沒有誰優誰劣之別，更不能說誰對誰錯，能否有效解決現實問題才是判斷這條路該走不該走的標準，也是其文化價值與醫學價值的根本所在。