2016年6月，實施多年的“211”、“985工程”正式成為歷史。作為對接，國務院11月5日頒佈《統籌推進世界一流大學和一流學科建設總體方案》（以下簡稱《方案》）。根據《方案》，到2020年，我國若干所大學和一批學科進入世界一流行列，若干學科進入世界一流學科前列；到2030年，更多的大學和學科進入世界一流行列，若干所大學進入世界一流大學前列，一批學科進入世界一流學科前列，高等教育整體實力顯著提升；到本世紀中葉，一流大學和一流學科的數量和實力進入世界前列，基本建成高等教育強國。《方案》提出了“雙一流”建設的方略：鼓勵和支持不同類型的高水準大學和學科差別化發展，每五年一個週期，2016年開始新一輪建設；《方案》明確了建設目標：統籌了此前的“211”、“985”、“2011工程”、“優秀學科創新平臺”等多個工程，以世界一流大學、一流學科為基本目標；《方案》確定了建設“雙一流”的五項建設任務和五項改革任務：建設一流師資隊伍、培養拔尖創新人才、提升科學研究水準、傳承創新優秀文化、著力推進成果轉化等五項建設任務；明確了加強和改進黨對高校的領導、完善內部治理結構、實現關鍵環節突破、構建社會參與機制、推進國際交流合作等五項改革任務。《方案》正成為新時期省市地方與各類高校學校發展和學科建設的綱領性檔，正在悄然改變著中國高等教育發展生態。
其一，促進高等教育協調發展的良性生態形成。良性生態，也可以稱為正生態，是指高等教育協調發展需要的生態環境。在這些方面，“雙一流”建設《方案》起了極大的促進作用。第一，它促進了全社會對“雙一流”建設的關注，促進高校對“雙一流”建設規律的認識。“雙一流”建設《方案》公佈後，全社會都在關注“雙一流”建設。雖然我國高等教育發展有政府主導的傳統，從1995年以來我國先後實施了“211工程”、“985工程”、“2011工程”等一批重點建設專案，到本次《方案》出臺，均體現著政府主導一流大學和一流學科建設的特徵。但本次《方案》發佈後，各省市、各高校的建設熱情之高、參與力量之巨仍舊超出歷史上任何一項決策。各省市大都因此出臺了本省市的高等教育發展系列政策、規劃和方案，提出了分類辦學的思想，這足以最大範圍地影響了中國高等教育的發展生態。在地方政府層面，上海市發佈了上海高等學校學科發展與優化佈局規劃（2014-2020年）；北京市教委啟動了“北京高等學校高精尖創新中心建設計畫”；廣東、浙江、江蘇、安徽、福建和河南等幾乎所有省份相繼啟動了高水準大學建設計畫。各省市也根據財力不同，投入的力度不同。從基本層面上講，發達省份投入多，欠發達地區投入少。高校當然是更加積極地行動起來，學習什麼是“雙一流”，如何建設“雙一流”，這極大地促進了高校對“雙一流”建設規律的認識。如果關注一下這一年來高等教育方面的會議主題，我們會發現“雙一流”成為絕對的高等教育議程。這可以說是在“雙一流”的創建中，已經開始了一場全民“雙一流”建設規律啟蒙教育。第二，政府加大了對高等教育投入，學校財政分配也向本校一流學科積聚。“雙一流”建設方案公佈後，中國各省市推出了各自省份的建設方案，各省方案的重要因素是加大對“雙一流”建設的投入。投入多的省份五年內將投入百億之巨，如《江蘇高水準大學建設方案》規定，進入全國百強省屬高校每年將額外獲得1億元；浙江每年投入5億元支持五所高校發展；廣東投入20億支持三所高校建設高水準大學；吉林投入15億重點支持吉林大學建設世界一流大學；河南則計畫投入31億力圖打造一批一流學科；河北省計畫投入25億元，力爭到2020年，3所左右大學達到或接近國家一流大學水準；貴州5年內將投入5億元推進區域內一流大學建設；新疆自治區財政將投入1億元專項資金支持重點專業建設計畫，將在本科高校建設50個重點專業等。中國高校突然變得“不差錢”。各高校在資金的使用了也突出了“雙一流”的價值追求。一些優勢學科得到大學的青睞，獲得較多的資金支持；一些弱勢學科，資金支持很少，甚至被合併或者撤銷。根據國務院學位委員會10月19日公佈的《關於下達2016年動態調整撤銷和增列的學位授權點名單的通知》，共有25個省份的175所高校撤銷576個學位點，包括大量博士學位授權點。如浙江大學，此次撤銷學位點高達34個，其中包括博士學位授權一級學科5個、博士學位授權二級學科3個、碩士學位點26個。中南大學也撤銷了26個學位點，包括4個博士學位授權一級學科，還有14個碩士學位授權一級學科和8個碩士學位授權二級學科。這次調整有主動調整的性質，也是“雙一流”建設過程中的一個邊際效應。第三，彰顯中國特色，優化高校學科結構。在“雙一流”建設過程中，中國既主張世界一流大學和一流學科共識，也力主中國道路與中國大學特色。比較突出的是五項建設任務的世界性和五項改革任務的中國性。在人才品質上，主張立德樹人；在學科建設上，主張服務國家戰略和經濟建設；在治理模式上，主張共產黨對大學的領導；在大學功能上，主張對文化的傳承與繼承。中國高校似乎也在“雙一流”建設中，明白了如何建設“雙一流”。對高校學科結構進行優化，對重點學科進行有針對性地培育。2016年，中國高校在“四大高校排名機構”中的越來越靠前的排名，其中北大、清華首次進入世界學術排名（ARWU）百強。中國大學進入ESI學科排名的高校數越來越多，進入世界前1%的學科越來越多。截止2016年11月，中國高校（內地）ESI上榜高校為193所，上榜的國內高校分佈在21個學科，只有“空間科學”一個學科尚無國內高校進入。中國政府和大學對一流大學建設之道的信心逐步提升。第四，促進各省高等教育分類辦學。在“雙一流”建設方案的促進下，一些省份開始對本省高等教育發展生態進行優化。一些省份出臺的高等教育分類辦學的意見。如上海市出臺《上海高等教育佈局結構與發展規劃（2015—2030年）》，將高等院校按人才培養的多種類型區分為：學術研究型（科學原理發現與原型驗證）、應用研究型（技術原型驗證與開發應用）、應用技術型（產品工藝開發）、應用技能型（生產加工技術），共四大類。浙江省出臺《浙江省普通本科高校分類評價管理改革辦法（試行）》，按二維結構對高校進行分類：根據學科門類、專業大類及專業數量等，將高校分為多科性和綜合性；根據人才培養、學科建設、科學研究、師資隊伍等，將高校分為研究為主型、教學研究型、教學為主型。河南省政府發佈《關於促進普通高等學校分類發展的指導意見》，把高校分為高水準綜合性大學、特色骨幹大學、應用技術類型大學、高職高專院校，等等。分類辦學、借位競爭是高等教育生態良善的一個基本條件，也是高等教育協調發展的一個基本規律。
其二，阻礙高等教育協調發展的不良生態正在生成。不良生態，也可以稱為負生態，是指“雙一流”建設給高等教育協調發展帶來的負面生態環境。在這方面的表現主要有以下幾個方面。第一，“雙一流”給中國高等教育帶來的“馬太效應”正在呈現。馬太效應的表現之一是地區高等教育發展更加不平衡。優勢高等教育聚焦的地方，往往也是經濟發達的地方。這些經濟地方，借力“雙一流”建設方案，進一步加大高等教育投入。也經濟欠發達的地方，恰恰是優勢高等教育較少的地方，他們對高等教育的投入有限。投入“一多一少”會加大優勢高等教育的聚焦，使高等教育強省更強，高等教育弱省相對高等教育強省會更弱。2016年，廣東投入20億建設高水準大學，十三五期間投入100億重點建設11所地方高校。深圳2016年出臺《關於加快高等教育發展的若干意見》，提出深圳市高等教育的發展目標是國際化、開放式、創新型，規定未來10年內要發展20所高校，全日制在校生20萬人。深圳計畫引進建設的高校包括：北京大學、清華大學、中國人民大學、武漢大學、俄羅斯列賓美術學院、華盛頓大學等。而高等教育大省河南，在“雙一流”建設中，五年的投入只有區區31億元，只可能引進一所由“中科院、河南省與加州大學洛杉磯分校”共建的大學。馬太效應的表現之二是各類高校之間發展的不平衡。一些列入“雙一流”建設的大學和學科會發展的更快，而沒有列入“雙一流”的大部分地方高校、高職高專的發展環境將更差。一個不爭的事實是，現在的985大學將是一流大學的候選者；現在211工程大學的學科將是一流學科的有力競爭者。一般的地方強勢高校要想進入“雙一流”，那是要用吃奶的勁的。而一般的地方高校最好別想這件事，否則只能是得不償失。目前中國高校的現狀是985工程大學的錢花不出去，一般地方大學沒有錢。2014年，全年運行經費超百億的高校有四個。當年度的資金結餘數更是驚人，如浙大年度盈餘高達38.15億，中山大學13.46億，四川大學10.19億，清華大學，上海交大，武漢大學、吉林大學等幾所高校都有超過5億的盈餘。2015年，浙江大學的結餘數達到驚人的46.58億元。人們統計發現2015年教育部32所985直屬高校平均結餘數超10億！一些地方高校，雖然經過這幾年的高校債務危機化解，但是這些高校仍有數億的銀行貸款，有些高校甚至超過10億元！如果占全國高校總數97%以上的地方高校,他們的畢業生數、招生數、在校生數分別占全國本科院校總數的95%左右；亦或211工程大學以外的87%的中國高校得不到應有的支持，中國社會需要的各類人才就不可能得到有效滿足。中國高等教育生態就會惡化。馬太效應的表現之三是學科發展將呈現不同的競爭態勢。一些大學為了使自己的優勢學科進入“雙一流”，加大了對一些學科的投入。這種投入直接影響了大學內學科之間發展的平衡。在中國，這種學科發展的不平衡，背後帶來的是教師經濟收入的巨大差距。這種差距將影響教師的積極性，影響整個大學的生態。如自2015年4月以來，南開大學、中山大學、山東大學等綜合性大學，對其教育學院、高等教育研究所等教育相關機構進行了不同程度的調整或撤裁。其中，2016年7月15日，蘭州大學校方正式發佈檔，宣佈撤銷該校教育學院及內設機構，引起社會關注。同時，高校的發展離不開學科群的整體發展。強大的工科，需要強大的理科作支撐；強大的理科，也離不開強大的社會科學。單一學科的優勢帶不來整個學校發展的良好生態。第二，一些高校特別是地方院校，混淆學科與專業的區別，把學科建設提到了超出自身實力與使命的高度。學科與專業建設本不矛盾，但高校使命和定位不同，其學科與專業建設的側重點和內容就會不同。一些地方大學甚至在開放性“雙一流”建設中，失去了本色使命，產生了盲目與衝動。這些高校數、畢業生數、學生數均達全國高校、畢業生數、學生數90%以上的地方大學，最需要的是高校專業與社會發展、企業需要之間的契合度，與市場的契合度。如果在“雙一流”建設中，從眾地跟著211工程大學，搞學科建設，追求ESI數量，那將是一個誤區。這些大學更應該根據社會、企業、市場需要，及時調整專業發展方向和專業建設內容。
《方案》標誌著中國特色的世界一流大學和一流學科建設模式正式成形；標誌著“雙一流”建設將於國家五年建設規劃同步；標誌著“高教強國建設”戰略首次進入國家檔，成為國家意志。《方案》對中國高等教育生態的影響是巨大的，在《方案》實施過程中，政府與高校都應該注重“雙一流”建設中的正生態積聚，避免負生態形成。