臨床醫學分兩大部類，一是診斷，一是治療。然而診斷是治療的前提，從某種意義上講，它比治療更重要。我們在比較中西醫學時常常要涉及到：中西醫診斷為什麼不同？差異的實質在哪里？
一、點、面、線
為了論述方便，我們引進點、面、線的概念。所謂點，指疾病徵象在時間和空間上的間斷性，即單一的症狀、體征或檢驗結果，它們是組成疾病模型的基本材料；所謂面，指疾病徵象在某一時間點（或片斷）上的空間分佈，即同一時間內表現在某病人身上各種病徵的集合；所謂線，引申疾病徵象在某空間範圍內的時間分佈，即某些病徵在不同時間內的發生、發展和演變過程。前者是疾病徵象的橫向聯繫，後者是疾病徵象的縱向聯繫，二者是構造疾病模型的骨架。
限於認識水準，中西醫對於症狀、體征和檢驗結果等經驗材料的搜集，其深度和廣度是有較大差異的。中醫搜集疾病資料以直觀為主，常局限在表像經驗範圍內，更多地依賴於病人的主觀感受和體驗。西醫搜集疾病資料，在直觀基礎上又借助於科學儀器和醫學實驗，其經驗材料有一定的深度和廣度，尤其是搜集了相當數量的能反映疾病本質的內在資料，為疾病模型的建立提供了更全面、更深刻的事實基礎。總之，在“點”這個要素裏，西醫源源不斷地湧現出多種化驗和特殊儀器的檢驗數據，其病徵集合體遠較中醫為大。當然，中醫對某些認識也有更細緻的方面，例如區分黃疸為陽黃、陰黃，辨別斑疹為順證、逆證，以及舌象、脈象的體察等等，雖然在直觀範圍內，仍不失為天才的觀察。
基於經驗材料的數量和品質，中西醫學對“面”和“線”的認識也有不同。中醫在“面”的認識上研究較多，其對“病”和“證”的理解都屬此範圍，前者側重於主症兼挾，後者側重於病徵組合，這是經驗醫學的特徵。中醫由於直觀所限，獲取的是表像經驗，而表像經驗難以充分揭示必然性和內在機制，人們只好專注於疾病徵象的排列組合，內在機制靠臆想來填充。然而，所有疾病都有其發生、發展過程（即“線”），中醫學對疾病過程並非不探討、不解釋。早在扁鵲就有腠理、血脈、腸胃、骨髓相傳之說，《內經》時代有皮毛、肌膚到經絡、六腑、五臟的傳變學說，三陽、三陰的“六經”傳變學說，後來有華佗的“毛、皮、肉、筋、骨”的傳交學說，以及溫病的“九傳”、“衛氣營血”、“三焦”的傳變學說。這些模型的共同缺陷是：①拘泥於疾病表像，對病因病理缺乏具體、深入的研究；②對疾病分類不清，定義含混，無法逐個進行具體的病程研究；③模型源於臆測性學說，無法用受控實驗進行檢驗。鑒於上述，儘管到溫病學時代，連續的疫癘大流行，傳染病以相似的症狀、體征以及病程先後多次在許多人身上重演，疾病發生發展的內在規律性充分表現的時候，人們仍無法清晰地把它們區分開來，僅僅作了風溫、春溫、暑溫等十餘病種的粗淺辨析。
隨著近代、現代科學技術的發展，西方醫學加入了實驗科學的體系，科學實驗帶來了病因病理及其規律性的揭示和驗證，使疾病的分門別類研究有了內在依據。這是西方醫學建立疾病模型的背景。西醫的疾病模型，也以橫向聯繫（面）和縱向發展（線）的骨架而構造，尤其在“線”的方面研究頗精，無論何種疾病，其發生、發展的演變過程都描述得相當詳細，各種疾病不僅分類明確，臨床表現及其內在機制也驗之有據。在“面”的方面，各種疾病或分期或分型，各期各型的臨床徵象也認識明確，但由於數理統計方法的普遍運用，對疾病個體差異的研究還十分欠缺，標準化的模型運用到個體化的診斷上來往往並不能得心應手，這也許存在著某種潛在的危機。
二、形形色色的辨證
眾所周知，辨證論治是中醫臨床的特色，這一特色的核心是“證”的模型。然而，“證”是什麼？它怎樣形成又如何成為診療的準繩？為什麼探索其客觀指標成為中醫現代研究的一個熱點？對諸如此類問題應該有一個清晰的認識。我們認為，證的模型來自於多種辨證體系，是歷代醫家對疾病分類辨析長期探索的結晶。
迄今為止，人們把《傷寒論》看成為辨證論治的最早楷模，六經辨證雖然確立於張仲景，其淵源則要追溯到《陰陽大論》、《內經》、《周易》甚至更早，實質上是以三陽、三陰作為標準來區分辨析各種病候。其後源源興起的各種辨證體系都是為這個目標所作的嘗試，之所以形式各異，是由於標準不同。例如病因辨證、臟腑辨證、經絡辨證、八綱辨證、氣血津液辨證、衛氣營血辨證、三焦辨證。的確各辨證體系頗為紛繁龐雜，但概括起來無非要反映四個方面的內容，即病因、病位、病性、病程。實際上，一個成功的辨證體系都應該涉及這四方面的內容，因而各體系相互包容、彼此重疊的現象十分嚴重。早幾年，不少學者紛紛提出統一辨證綱領的設想，然而歷經數十載，為什麼始終不能如願呢？也許，問題不在於是否反映了這些內容，而在於怎樣去反映；也不在於是否有標準，而在於標準的客觀性和可檢驗性如何。
三、模型的偏愛
客觀地講，無論西醫關於病的分門別類，還是中醫關於證的種種區分，都是通過模型對疾病現象的模擬。臨床上，由於個體、環境等差異，模式化的病或證是很難找到的。然而，它們是怎樣被發現的？中醫選擇證的模型，西醫選擇病的模型，二者為何有不同的偏愛？
中醫之所以選擇證模型，是直觀經驗的局限性決定的，也與傳統文化的遺傳基因有關。人們常說“醫易相通”、“醫易同源”，《周易》是研究“象”與“占”的學問，以六十四卦、三百八十四爻來推測自然、社會的變化和人的命運。中醫學對於疾病表像的研究是較為細緻的，一涉及內在機制就以推測（即占）來代替，因而有識之士提出“唯象中醫學”的構想，意在保留其經驗內容，將“占”的色彩刪除，中西醫結合專家對於證本質的研究也可謂嘔心瀝血，就因為證只是疾病表現的某種組合，其傳統病機並沒有反映證的本質。總之，由於對疾病現象的內在機制研究不夠，證所體現的是一種經驗性的疾病模型；人們選擇這種經驗模型，既是疾病本質認識的欠缺所造成的，又反過來限制了疾病本質的研究。
讓我們來剖析證模型的“理”性層次。例如外感病因，“風”、“火”是兩個抽象名詞，“寒”、“暑”、“濕”、“燥”是四個形容詞，它們怎麼變成了致病的物質因數（因其各有屬性），又參入了體內的病理變化呢？這是思辨的產物。諸如“濕遏熱伏”、“伏寒化火”之類，是因為對微觀世界的無知，借助直觀現象類推之後而又無法檢驗。從病位看，由於解剖學的落伍，中醫對大體解剖尚不精細，鏡觀解剖無從談起，沒有病理解剖作為依據的病位只有靠臆測來填補，不僅出現了如命門、三焦、膻中等有形與無形爭論不清的臟器，也出現了六經、氣血等模糊性病位，其客觀具體性變得無法實現，即使各臟腑病變，由於病理生理不清，定位不准，也出現了不少誤差。從病性看，寒和熱是病候的表像，拔高為疾病本質有所不妥；表裏、虛實是一種約定，其內涵模糊，無法檢驗；陰陽借自於哲學，一旦強加到實質臟器上面，則使虛而實之，實而虛之，虛實莫測了。至於人體物質的病理變化，如氣血津液，亦是直觀思辨的產物，談不上內在本質的揭示。從病程看，無論六經辨證還是衛氣營血、三焦辨證，由於對具體疾病及其本質研究不夠，僅借助某種說法就疾病表像來劃分疾病階段，不免區分籠統，無法進一步深入。
在構造模型的過程中，西醫引進了受控實驗。受控實驗不僅能提供隱蔽的微觀資訊，還能排除干擾因素，進一步揭示現象的原因和機制，探索過程的規律和奧秘，並檢驗這些。正因為如此，西方醫學自近代以來，理論與經驗水乳交融，基礎研究與應用研究相互促進，形成了加速發展機制。在這個過程中，病的模型也由經驗型向實驗型迅速轉化：人們不僅知道某疾病是某些臨床表現的集合，而且也知道為什麼會出現那些臨床表現，及其發生演變過程的真實機制。
受控實驗給西醫疾病模型帶來了較為嚴格的實證傾向。例如病因，不僅可以通過動物模型複製、人體組織中檢驗，還可通過心理學實驗、流行病學調查來證實。在病位方面，病理解剖學的發展和各種現代儀器的應用，為其提供了日益清晰、明確、客觀的證據。在病性方面，由於病理生理學、生物化學等基礎學科的進展，通過微觀結構、物質代謝、功能變化及其相互關係的研究，對各種疾病的內在本質有了深刻、具體的把握。在病程方面，由於病種分類嚴格、準確，以及流行病學調查、統計學方法的運用，對疾病分型、分期和演變過程的認識越來越清晰。當然，疾病模型只是疾病自然現象的模擬和疾病本質的接近，在未來的實踐中，西醫模型也存在著改造、完善，甚至重構的問題。
四、應用問題
在臨床應用過程中，中醫證的模型與西醫病的模型有如下特徵：
1．一圖與多圖  如前所述，中醫辨證有形式各異的不同體系，由於缺乏客觀標準，各種辨證模型很難統一，這就存在臨床應用的混亂現象。例如外感病，既可用病因辨證，也可用衛氣營血辨證、三焦辨證和六經辨證，還可用臟腑辨證和八辨證，這種狀況不利於總結臨床經驗和提高醫療水準。與此相反，西醫雖然在病因、病理診斷上標準不同，但通過內在機制的揭示而達到了統一，總的疾病模型只有一個。而且，由於分類清晰，層次分明，各病各型嚴格單一，不至出現非此非彼、亦此亦彼的情況。
2．一元論與多元論  病的模型體現出疾病的連續性特徵，由於病程不同，一種病可以區分為多種不同的證。例如流行性乙型腦炎，按衛氣營血辨證可有邪犯衛氣、氣營兩燔、熱陷營血、正虛邪戀、痰瘀阻留各種證型。相反，證的模型體現出疾病的階段性特徵，臨床出現多病並存局面時，中醫可在不同疾病階段以一“證”概之。例如一位入院六小時即死亡的老年女性病人，患者曾於一年前因高血壓右半身偏癱及慢性肺心病而住某醫院，經治療好轉而出院。近兩天右半身不靈逐漸加重，入院前12小時意識不清而急診入院。入院時神志不清，面色恍白，口唇青紫，喉中痰鳴，手足厥逆，二便失禁，肌膚潮濕，舌紫暗有瘀點，苔灰膩而厚，脈微細而數，中醫辨證為“痰瘀互結，蒙蔽清竅”。然而西醫診斷卻十分複雜，①動脈粥樣硬化，腦血管血栓，腦軟化；②慢性支氣管炎，肺氣腫，慢性肺心病；③風濕性心臟病，二尖瓣狹窄合併關閉不全；④左心室、右心房及右心室擴張，肥厚，全身臟器瘀血。
3．規範化與隨機化  證的模型運用起來簡單、方便、靈活，直接現實性較強，因為證的辨別只在表像經驗範圍內，各種區分比較粗糙、模糊，故爾無須複雜的檢查、測試，不必嚴格、單一地按圖索驥；其隨機而變，凡是時間、地點、個體差異導致疾病徵象的改變，就可能構成不同的證，採取不同的治療，表現出較強的直接現實性，病的模型運用起來難度較大，誤診現象比較嚴重，而且臨床診斷是嚴格地追求與過去總結的疾病模型的符合，而過去的模型是在排除了偶然因素、次要因素之後取得的，故爾不免機械和僵化。總之，前者顯得靈活有餘，後者流於呆板太過。