在市場經濟經過20多年發展以後，絕大多數人對於現代企業制度都有了清晰的概念，但對於“現代大學制度”仍然缺乏共識，甚至缺乏常識。
世界各國的大學儘管具體的辦學各有特色，卻具有一些共性，我歸納為5個比較重要的特點，分別是大學自治、學術自由、教授治校、通才教育和學生自治。
大學自治
大學自治，這個概念在中國顯得有點陌生，其實就是落實大學的辦學自主權，建立大學和政府的相應關係。大學需要自治，這個觀點是從大學發展的歷史、大學內在的邏輯中產生的。因為大學是傳播知識的學術機構，早期的古典大學是具有行業協會性質的組織，實行學者的自我管理。中世紀時，西方的著名大學通過獲得國王或教會的特許狀的方式維繫自治。
我國的法律檔已經規定，大學是一個面向社會自主辦學的法人實體。大學辦學自主權的內容也在《高等教育法》中有明確規定，可惜的是大多數還沒有實現，而且大學爭取自主權的動機也逐漸消失了。
上世紀80年代，我們進行的是以體制改革為中心的教育改革，當時一批大學校長、學者上書，要求給大學自主權。現在反而缺乏這種體制改革的動力了。因此，辦學自主權仍然是大學成為一個現代意義上的大學的基本問題。
學術自由
學術自由，這同樣也是由大學的內在邏輯、學術使命、社會功能所決定的。為什麼要把學術自由作為大學的一個重要價值呢？為什麼當年蔡元培改造北京大學時，要把“相容並包、學術自由”作為非常重要的價值、作為現代大學的基本精神奠定下來？因為大學是一個探求真理的機構，是一個研究高深學問的機構，而探索真理的前提是自由，由於我們不能確切地知道真理何在，只有通過自由的學術進行探索。
19世紀德國的洪堡創辦柏林大學，標誌著大學從古典大學進入現代大學，奠定了大學學術自由的價值。
學術自由有不同的層面，除了科學研究的自由之外，還有兩個自由，即教學自由和學習自由。
教學自由是對於教師的職業而言的。在國外一些大學，教師沒有統一的教學大綱，對於如何講一門課、如何組織課堂教學，完全是教師的權力，所以課堂完全取決於教師本人的願望，每個人的做法都不一樣。但前蘇聯比較強調規範化、制度化、統一化，形成了教研室制度。
學術自由對學生而言，就是學習自由，這是一個比較被忽視的概念。這意味著大學生可以按照自己的意願選擇自己的專業和學習方式，大學應該允許學生改換專業、調換學科，也應該滿足學生不同的需求，比如說非全日制的部分時間學習、中斷學習保留學籍等。
為什麼學生應該有選擇的權利？因為興趣是最好的老師，如果大學以高深學問為追求，學生沒有內在的興趣去學習，怎麼可能產生有價值的創造和發現呢？我們熟悉的大師，無論魯迅、胡適、郭沫若，都是改換專業以後才取得成就的。所以學習自由是一個非常重要的價值。
中國今天的高校，學生厭學的比例特別高。這些學生由於各種原因選擇了不太滿意的專業，有的是對專業不了解或者興趣改變了，所以相當多的學生不喜歡自己的專業但是又無法改變，從而變得厭學，造成非常大的人才浪費。這幾年已經有些大學採取了措施，例如規定學習成績在前百分之多少的學生，可以改換專業，但是自由選擇專業還沒有成為一項制度。
教授治校
教授治校，它要表述的是大學作為一個學術組織，需要進行一種學術內行的自主管理。“教授治校”是沿用過去習慣的說法，由於現在大學的功能極大地擴大了，現在通常提“黨委治黨，校長治校，教授治學”，實質是大學要實行學術本位的管理，而非行政本位或官本位的管理。
近幾年這個問題也有了一些變化。2000年，東北師範大學建立了學院級的教授委員會，實行“教授委員會領導下的院長（系主任）負責制”。目前全國已經有幾十所高校實行了不同性質的教授委員會管理。當然，中國高校要真正實行學術本位的管理，平衡政治權力、行政權力和學術權力，還有很漫長的路要走。
通才教育
通才教育，涉及到現代大學的培養目標。
培養通才還是專才，在中國現代高等教育歷史上一直爭論不休。最著名的一次是20世紀40年代初，在抗戰的大後方重慶發生的“通專之爭”。由於是戰爭時期，教育部要加強抗戰人才的培養，要求採取“通專並重”的方針，減少文科學生比例，更多地培養實用人才。這個政策遭到了北大、清華等一批人文學者的強烈批判，清華大學前校長梅貽琦寫了《大學一解》參與討論。
梅貽琦以《大學》之語作大學精神的新解：“大學之道，在明明德，在親民，在止於至善”，並認為在大學期間，“重心所寄，應在通而不在專”， “通識為本，而專識為末，社會所需要者，通才為大，而專家次之，以無通才為基礎之專家臨民，其結果不為新民，而為擾民”。針對政府重實科輕文理科的政策，即“通專並重”的培養方針，梅貽琦認為是不可行的。他認為：“工科教育於適度的技術化之外，要取得充分的社會化與人文化，我認為是工業化問題中最核心的一個問題。”他敏銳地意識到對於中國的工業化而言，需要的不僅是技術人才，而且是組織人才，所謂“工業建設的領袖”，其“重要性至少不在技術人才之下”。“真正的工業的組織人才，對於心理學、社會學、倫理學，以至於一切的人文科學、文化背景，都應該有充分的瞭解……嚴格的自然科學認識倒是比較次要。”
國外的大學，本科生實行通才教育是一種基本的教育制度。長期擔任清華大學教務長的潘光旦，認為大學教育根本就是“士”的教育——承當社會教化和轉移風氣之責任的知識份子。朱光潛撰文解釋西方大學教育“Liberal Education”的理想，認為一種“寬大自由的教育”，其目的“不僅在訓練一技之長而尤在養成宏正通達之士；不僅在傳授知識技能，而尤在陶冶品學才識具備之完人與培養健全之士風。此非謂大學生可不具備專門職業之知識與技能，但以此為未足。理想的大學生應退可為專才，進可為通才，以其所學施之於特殊職業，固可措置裕如；施之於領導社會，主持政教，亦可迎刃而解，所謂‘寬大自由教育’者其義如此”。
也就是說，雖然大學教育與職業崗位直接相連，但大學的培養目標並非僅僅定位於培養醫生、工程師、專家，大學的真正追求在於培養“士”，是能夠承擔社會責任、轉移社會風氣的棟樑人才，即培養現代社會的知識份子。
如何判斷一個專家是不是“知識份子”，是件很複雜的事情。一位著名的物理學家，作了一個很中肯的評斷，“一個能夠研究出原子彈的人並不一定是知識份子；能夠在反核宣言上簽字的人才是知識份子”。科學技術必須有人文主義，人的理性、良知、情感乃至常識的制衡，從中發展出關於科學技術的倫理準則和價值判斷，從而在“能不能夠”的技術理性之上，加以“應不應該”的價值判斷。這就是知識份子與專家的區別。
我們今天許多不盡如人意的社會現實，如不願為教育、文化、環境保護投資，除了有體制、政策等制度性的原因之外，背後還有一個確定的教育原因：我們的許多管理者是在過去幾十年缺乏人文內涵的專業教育中培養出來的。
大多數社會主義國家的領導層都要經歷這樣3個階段，第一個階段是革命家、軍事家治國；第二個階段是工程師、技術人員等“硬專家”治國；第三個階段是文科專家，比如法律的、經濟的專家治國。要培養現代社會的知識份子，大學教育必須超越狹隘的專業訓練，而進行廣博的通才教育。近兩年，大學課程改革的一個重要內容就是開設通識課程，北大通過舉辦“元培班”進行通識教育的嘗試；復旦大學做得比較徹底，所有的新生入學後不分專業，先進行通識教育，一年以後再分專業。這都是很好的嘗試。
學生自治
學生自治，這個概念對於很多人也是非常遙遠、非常陌生的，但是我們翻一下上世紀30年代的雜誌，無論是魯迅、蔡元培、陶行知還是胡適，常掛在嘴邊的就是這個詞；每年的開學典禮，都會講到學生自治。因為大學和中學的一個根本區別就是：中學生是未成年人，大學生已經是公民了，現代大學就是培養現代公民的地方，培養共和國公民，具有非常強烈的公民教育的價值，如果一個年輕的公民在大學期間沒有學會自我管理、沒有學會自治，而唯唯諾諾，共和國的公民就無從產生。“五四”一代教育家、學者毫無例外都是把學生自治作為現代大學的一個重要內容。
無論在香港還是在國外高校，學生自治的能力和程度是大陸高校難以想像的。香港的大學生參與的議題從特首選舉、基本法修改到學校管理等各個方面。比如近年來，香港中文大學發生過幾次重大的“護校運動”，因為新任校長要推行“國際化”的路線，取消大量中文課程；而香港中文大學的命名和定位就是在香港殖民地時期英語化的教育中確立中文教學的價值，所以這一決定引起學生強烈的質疑。
另外一次是學校為了蓋大樓要砍倒很多大樹，有些是不必要的。學生們為此發起護樹運動，在樹上系了黃絲帶，派人日夜看管，取得了實際的成效。事實上到今天為止，我國大學的學生會、團委幹部好像還不是直選，官場化的毛病也為人詬病。1987年上海交通大學實行學生會幹部直選，成為一個重大新聞。如果大學以培養現代社會知識份子為使命，學生在大學期間卻沒有學會自我管理和社會治理，不能不說是一個重要的缺陷。
關於大學制度的兩個概念
關於大學制度有兩個概念非常重要。第一個概念，如同現代企業制度，現代大學制度是人類文明的共同成果，是一種普適的制度，並不是只適用於西方國家而不適用於中國。事實上，這個制度在20世紀上半葉的中國長期、有效、大面積地實行過，造就了以西南聯大為代表的優秀典範。
第二個概念，當前的高等教育改革需要推行以制度建設為中心的教育體制改革。上世紀90年代以來的改革是以經營創收為中心，這些年來的改革開始重視教育內在品質的改革，包括課程改革等嘗試，但是最重要的體制改革仍然沒有成為改革的中心議題。當前中國大學制度建設最主要的問題，仍然如80年代《中共中央關於教育體制改革的決定》中所提出的，是計劃經濟體制下形成的權力高度集中，行政化、官場化的弊端，這一弊端在上世紀90年代以來出現了嚴重的回潮，比較典型的是2000年前後，以清華、北大為首，國家確定了一批“副部級大學”。2000年，中央組織部、國家人事部下達了一個關於事業單位改革和人事制度改革的綱要，非常明確地提出要淡化事業單位的行政級別，逐漸取消事業單位的行政級別。但高校卻反其道而行之，搞了30多所“副部級大學”，在繼續強化行政化、官場化的弊端。
當年蔡元培在北大的改革，首先是恢復大學為學術機構的屬性，而不是販賣文憑、博取功名的機構。過了不到百年，這個問題又出現了，一些高校又成為行政化、官本位的學校，這種制度跟我們建設一流大學的目標可以說是南轅北轍、背道而馳。
必須看到，上世紀30年代的北大群星璀璨、人才輩出、大師雲集，這種局面是一種制度文明的產物，並不是靠急功近利的短期政策能夠催化出來的。這個制度就是現代大學制度。如果一個大學沒有建立大學自治、學術自由、教授治校這樣的基本制度和文化，國家花再多的錢，也不可能造就真正的大學，更不要說是世界一流的大學。這是對於我們今天的大學一個最大的挑戰。當然，今天的大學面臨著的還不僅僅是行政化、官場化的壓力；由於市場經濟的改革，大學又多了一重來自市場主義、商業化對大學價值的侵蝕。很多重點大學幾乎都變成了停車場，名車擁堵、財源廣進，經常引起社會輿論的非議。
總而言之，今天的中國教育已經超越了十多年前那種極其貧困、極其短缺的狀態，今天我們比以往更有條件去追求一個理想的教育。因此，要奠定一個新的教育理想、教育哲學，在這個前提下，最大程度地推進教育制度的改革，只有這樣，中國教育才能走上真正健康發展的軌道，中國的大學才能真正和社會發展相適應。